Malli
Rannikko-Pohjanmaan kuntayhtymä toimii tiilaja-tuottajamallin mukaisesti. Tilaaja-tuottajamalli on yksi tapa järjestää palveluja. Kuntayhtymä toimii tilaajana, mikä tarkoittaa sitä, että kuntayhtymä päättää palvelujen laajuudesta, laadusta ja tuotantotavasta yhteistoiminnassa jäsenkuntien kanssa. Kuntayhtymä voi järjestää toiminnan siten, että palvelut järjestetään omana tuotantona, jäsenkuntien toimesta tai kolmannelta osapuolelta hankittavana ostopalveluna.

Päätöksenteko
Kuntayhtymän toimielimet ovat yhtymävaltuusto, tarkastuslautakunta, yhtymähallitus ja hallituksen asettamat johtokunnat ja toimikunnat. Kuntayhtymä vastaa siitä, että toiminta on tuloksellista ja rationaalista sekä tehokasta samanaikaisesti kun se takaa asukkaiden perusturvan. Kuntayhtymän toiminta-ajatus, tavoitteet ja kehitysstrategiat määritellään tarkemmin talousarviossa, taloussuunnitelmassa sekä erillisillä päätöksillä.

Viranhaltijaorganisaatio
Kuntayhtymän johtoryhmään kuuluvat johtaja, johtava lääkäri ja johtava sosiaalijohtaja. Kuntayhtymän hallinnon kotipaikka on Maalahti. Johtajan ja hallintosihteerin työtilat on Maalahdessa.  Kuntayhtymän perusterveydenhuollon hallinnosta vastaavaa johtava lääkäri toimii Kristiinankaupungissa. Kuntayhtymän sosiaalihuollon vastaava sosiaalijohtaja työskentelee Närpiössä.